Главный герой – покемон Мьюту, созданный в секретной лаборатории для уничтожения человечества. Узнав об этой миссии, он восстаёт против своих создателей.

Коко растет в джунглях под опекой Заруда-отшельника. Он знакомится с Эшем и Пикачу и узнает о мире людей, а также об опасности, которая грозит его дому.

Город Фуура ежегодно принимает у себя фестиваль ветров. На празднике Сатоси знакомится с пятью разными персонажами: тренером покемонов Лизой, покемоном-вруном Кагати, исследователем Торито, пожилой Хисуи, которая не любит покемонов, и загадочной девочкой Ларго.

События происходят в новом мире, который находится на грани исчезновения. Ожесточенный бой между легендарным бывшим адмиралом военно-морского флота Зетто, который руководит группой, пытающейся уничтожить пиратов, и группой Мугивара во главе с Монки Д. Луффи.